Cuối thế kỷ 13, thiền phái Trúc Lâm, một thiền phái mang ý thức dân tộc, tự chủ đã dựng liêu Kỳ Lân cho các tăng ni tu hành. Trần Nhân Tông, Pháp Loa, Huyền Quang : ba vị tổ xác lập thiền phái này đã từng tu hành và thuyết pháp ở đây.Huyền Quang chủ trì chùa Côn Sơn, và mất tại đây ngày 13 tháng giêng năm Khai Hựu thứ 6 (1334). Sau khi mất, đệ tử dựng tháp để xá lị ở sau chùa,  tháp có tên là "Đăng Minh bảo tháp". Vì thế Côn Sơn được gọi là chốn Phật tổ và hàng năm mở hội dâng hương vào trung tuần tháng giêng.